À partir du XVIe siècle, des commerçants venus du Portugal, d'Espagne, des Pays-Bas et d'Angleterre débarquèrent au Japon avec des missionnaires chrétiens. Pendant la première partie du XVIIe siècle, le shogunat craignit que ces missionnaires fussent la source de périls analogues à ceux que subirent ses voisins (telles les prémices d'une conquête militaire par les puissances européennes ou un anéantissement total[4]) et la religion chrétienne fut formellement interdite en 1635 sous peine de mort accompagnée de torture. Puis, en 1639, le Japon cessa toute relation avec l'étranger, à l'exception de certains contacts restreints avec des marchands chinois et néerlandais à Nagasaki (長崎), précisément sur l'île de Dejima (出島).
Cet isolement volontaire de deux siècles dura jusqu'à ce que les États-Unis, avec le commodore Matthew Perry, forcent le Japon à s'ouvrir à l'Occident par la politique de la canonnière en signant la convention de Kanagawa en 1854 après le pilonnage des ports japonais.
En seulement quelques années, les contacts intensifs avec l'Occident transformèrent profondément la société japonaise. Le shogun fut forcé de démissionner et l'empereur fut réinvesti du pouvoir.
L'empereur Shōwa procéda finalement à la reddition de l'empire du Japon le 14 août 1945 après les bombardements atomiques de Hiroshima et Nagasaki et l'invasion soviétique du Manzhouguo. Le traité de paix avec la Russie est toujours en négociation, en règlement du problème des îles Kouriles du sud, occupées par cette dernière depuis la fin du conflit.
Le Japon, dont plusieurs des villes majeures ont été dévastées par les bombardements, est occupé par les troupes du Commandant suprême des forces alliées, MacArthur. Celui-ci met en place le tribunal de Tōkyō pour juger quelques-uns des dirigeants politiques et militaires de l'empire mais exonère tous les membres de la famille impériale ainsi que les membres des unités de recherche bactériologiques.
Confiné à l'archipel, le pays demeura sous la tutelle des États-Unis jusqu'en 1951 (traité de San Francisco). Ceux-ci imposèrent une nouvelle constitution, plus démocratique, et fournirent une aide financière qui encouragea le renouveau du Japon. L'économie se rétablit ainsi rapidement et permit le retour de la prospérité dans l'archipel dont les jeux Olympiques de Tōkyō et le lancement du Shinkansen en 1964 furent les symboles.
Depuis les années 1950 jusqu'aux années 1980, le Japon connaît une apogée culturelle et économique et une formidable croissance. Toutefois, ce « miracle économique » prend fin au début des années 1990, date à laquelle la bulle spéculative japonaise éclate.
Actuellement, bien que sa part soit relativement faible dans les finances de l'État, le Japon occupe, en matière de budget militaire, la cinquième place dans le monde en chiffres absolus, mais l'importance de ce budget ne fait pas pour autant du Japon une grande puissance militaire. La constitution japonaise interdit en effet le maintien d'une armée, le droit de belligérance et le lancement de toute opération militaire en dehors de ses frontières autre que dans le cadre de l'autodéfense. La « force d'autodéfense » japonaise est un corps militaire professionnel disposant de moyens techniques avancés.
